1942 年 8 月创办，始名福州市立初级中学

1947 年改名为福州市立中学

1950 年改名为福州市立第一中学，先后将私立乐群、黄花岗、中建、福华中学划归入市立第一中学

1952 年正式定名为福州第三中学

1953 年被定为市重点中学

1959 年被定为省重点中学

1963 年被定为福建省首批 14 所省级重点中学之一

1994 年被定为福建省首批普通中学一级达标学校九十年代以来，联办光明、黎明中学，并协助铜盘中学、连江尚德中学办学

2002 年创办福州三中金山校区

2003 年被评为福建省首批示范性高中

2003 年创办福州励志中学

2006 年创办福州三中爱迪生中加友好实验班

2013 年创办福州三中罗源滨海学校

2014 年创办福州三中罗源校区

2017 年与福州十九中紧密联合办学，该校加挂“福州三中初中部”校牌

2019 年创办福州三中滨海校区、晋安校区

2020 年成立福州三中教育集团

2022 年被确认为首批省级示范性普通高中